深耕計畫第二期適逢本校百年校慶，行政及學術單位皆全力以赴，以PDCA精神推動高教深耕計畫。計畫依四大面向規劃（Plan）策略及執行方案，由6個分項計畫執行（Do），教學發展中心及校務研究辦公室辦理管考查核（Check）並滾動修正計畫（Adjust），再回饋至行政及學術單位。

高等教育深耕計畫推動委員會統籌推動，各分項計畫以工作會議及期中期末會議，追蹤執行狀況及經費運用進度。每學期召開「教與學精進委員會」並聘請外部委員提供諮詢，共同討論教師教學與學生學習問題，每年配合校慶活動辦理亮點成果展，與全校師生分享計畫成果。

校務研究辦公室協助檢視提升教師教學與學生學習、研究績效、社會責任、公共性、產學連結等關鍵因素，並運用校務治理平台發現問題，協助各單位解決問題，鼓勵單位依問題進行自行研究，提出改善方案等參酌依據，回饋精進計畫，讓高教深耕計畫第二期與校務治理形成正向循環圈。